ประเทศไทยประสบกับปัญหาขาดแคลนแพทย์มาอย่างต่อเนื่อง กล่าวคือ ในปัจจุบันนี้ ประเทศไทยมีแพทย์ประมาณ 30,000 คน ต่อประชากรของไทย 60 กว่าล้านคน อัตราส่วนแพทย์ 1 คน ต่อประชากร 2,000 คน ถ้าจะให้ดูแลประชาชนอย่างทั่วถึง ประเทศไทยควรมีแพทย์ประมาณ 1 คน ต่อประชากร 500 คน ดังนั้น ถ้ามีสถานศึกษาเปิดสอนคณะแพทยศาสตร์มากขึ้น และได้รับการรับรองจากแพทยสภา ก็สามารถแก้ปัญหาขาดแคลนแพทย์ได้ในระดับหนึ่ง
                    กรุงเทพมหานครได้ตระหนักถึงปัญหาดังกล่าว และเล็งเห็นว่าหากโรงพยาบาลในสังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ได้มีโอกาสปฏิบัติภารกิจ
เกี่ยวกับการจัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ในชั้นคลินิก นอกจากจะเป็นการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์ของประเทศไทยแล้ว ภารกิจดังกล่าวจะช่วยพัฒนาโรงพยาบาลในสังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ให้มีความเจริญก้าวหน้าอย่างยั่งยืน ดังนั้น เมื่อกรุงเทพมหานครได้รับการประสานงาน เพื่อขอความร่วมมือในการเป็นสถาบันผลิตแพทย์ ทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิกในหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จึงได้มีการลงนามความร่วมมือและจัดทำบันทึกข้อตกลงความร่วมมือในการผลิตแพทย์ระหว่างกรุงเทพมหานครกับมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน 2555 ณ ห้องรัตนโกสินทร์ ศาลาว่าการกรุงเทพมหานคร โดยมีท่านผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร หม่อมราชวงศ์สุขุมพันธุ์บริพัตร อธิการบดี มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง
รองศาสตราจารย์ ดร.วันชัย ศิริชนะ ท่านรองปลัดกรุงเทพมหานคร นายแพทย์พีระพงษ์ สายเชื้อ (ดำรงตำแหน่งในขณะนั้น) และคณบดีสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง พลโท ศาสตราจารย์เกียรติคุณนายแพทย์นพดล วรอุไร ร่วมลงนามและมอบหมายให้สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร เป็นผู้ดำเนินการจัดเตรียมโรงพยาบาลในสังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ที่มีความพร้อมในการเป็นสถาบันผลิตแพทย์ทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิกในหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง
                    ด้วยความพร้อมของโรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์และโรงพยาบาลกลาง สำนักการแพทย์กรุงเทพมหานคร ทั้งด้านบุคลากร (อาจารย์แพทย์) ที่มีประสบการณ์ในการจัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นปีที่ 6 ของคณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยชั้นนำหลายแห่งมาก่อน และความพร้อมด้านการให้การบริการด้านการรักษาพยาบาลของโรงพยาบาลที่รองรับผู้ป่วยได้ครอบคลุมทุกสาขาตามเกณฑ์มาตรฐานของแพทยสภา โรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์ และโรงพยาบาลกลาง สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร จึงได้รับเกียรติให้เป็นสถาบันผลิตแพทย์ทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิกในหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ซึ่งมีการใช้หลักการสำคัญของแพทยศาสตร์แนวใหม่ คือ เน้นการผลิตแพทย์เวชศาสตร์ครอบครัว (Family Physicians) ซึ่งเป็นสาขาวิชาเฉพาะทางการแพทย์ที่เน้นดูแลผู้ป่วยและครอบครัวแบบองค์รวม ผสมผสานเชื่อมโยงวิชาวิทยาศาสตร์ทางการแพทย์กับพฤติกรรมศาสตร์และสังคมศาสตร์ รวมถึงการเรียนการสอนและการค้นคว้าวิจัย มุ่งเน้นผลการรักษาคุณภาพชีวิตของผู้ป่วยเป็นหลัก โดยอาศัยชุมชนเป็นแหล่งเรียนรู้ สร้างแนวคิดการสร้างเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค การรักษาโรค และการฟื้นฟูสุขภาพของคนในท้องถิ่น
                    โรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์ และโรงพยาบาลกลาง สำนักการแพทย์กรุงเทพมหานคร ได้มีการเตรียมความพร้อมเพื่อรองรับการประเมินจากแพทยสภาในการเป็นสถาบันผลิตแพทย์ทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิกในหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้แก่ การไปดูงานศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกที่โรงพยาบาลตำรวจ โรงพยาบาลพระปกเกล้าจันทบุรี โรงพยาบาลราชบุรี คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยพะเยา คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล และคณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
                    ในวันที่ 3 - 4 ธันวาคม 2555 คณะผู้ประเมินจากกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทยเข้าเยี่ยมสำรวจ เพื่อพิจารณาความพร้อมในการเปิดสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ตามเกณฑ์ว่าด้วยการเปิดหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิตของกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย
                    ต่อมาโรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์และโรงพยาบาลกลาง ได้รับการตรวจประเมินโรงพยาบาลจากคณะผู้ประเมินหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต กลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย และได้เข้าให้ข้อมูลแก่คณะอนุกรรมการกลั่นกรองวิชาการของแพทยสภา เพื่อประกอบการดำเนินการเพื่อขอรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิตของสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ในวันจันทร์ที่ 21 มกราคม 2556 ตลอดจนการเข้าชี้แจงในเรื่องหลักสูตรต่อที่ประชุมคณะกรรมการแพทยสภา เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2556
                    ในเดือนกุมภาพันธ์ 2556 แพทยสภาได้รับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต ของสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยเป็นโรงเรียนแพทย์แห่งที่ 21 ของประเทศไทย และเปิดรับนักศึกษาแพทย์รุ่นแรกปี 2556 จำนวน 32 คน โดยมีการจัดการเรียนการสอนในระดับชั้นเตรียมแพทย์ และชั้นคลินิก (ชั้นปี 1 - 3) ที่สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จังหวัดเชียงราย และมีการจัดการเรียนการสอน และฝึกปฏิบัติงานของนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิก (ชั้นปี 4 - 6) ที่โรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์ และโรงพยาบาลกลาง สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร นักศึกษาแพทย์รุ่นแรกได้มาศึกษาวิชาชั้นคลินิกตามหลักสูตร ที่ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ในปีการศึกษา 2559 เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2559 ซึ่งถือเป็นวันเปิดเรียนประจำปีการศึกษา
                    เพื่อให้การจัดการศึกษาแพทยศาสตร์ร่วมกับมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ดำเนินไปด้วยความเรียบร้อย มีประสิทธิภาพ และบรรลุตามวัตถุประสงค์ที่ได้มุ่งหวังไว้ ในวันที่ 3 มกราคม 2557 ท่านผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร หม่อมราชวงศ์สุขุมพันธุ์ บริพัตร ได้มีคำสั่งกรุงเทพมหานครที่ 27/2557 เรื่อง จัดตั้งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกสำนักการแพทย์ ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก สาขาโรงพยาบาลกลาง และสาขาโรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์ โดยมี
นายแพทย์สุรินทร์ กู้เจริญประสิทธิ์ เป็นผู้อำนวยการศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกสำนักการแพทย์ คนแรก
                    กล่าวได้ว่า สำนักการแพทย์ กับภารกิจในฐานะสถาบันผลิตแพทย์ทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิกในหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จะช่วยให้เกิดการพัฒนาโรงพยาบาลให้มีความเจริญอย่างยั่งยืน ซึ่งในอนาคตจะมีการขยายภารกิจ ดังกล่าวให้ครอบคลุมทุกโรงพยาบาลในสังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร และภารกิจดังกล่าวนี้จะสำเร็จได้เป็นอย่างดีนั้น จำเป็นต้องได้รับความร่วมมือร่วมใจอย่างแข็งขันจากทุก ๆ ฝ่ายที่เกี่ยวข้อง ได้แก่ แพทย์ พยาบาล บุคลากรทุกสาขาวิชาชีพ และผู้บริหารทุกระดับ เป็นการสร้างบุญ สร้างกุศลอันใหญ่หลวง เนื่องจากเป็นภารกิจที่เกี่ยวข้องกับการผลิตแพทย์ที่มีคุณภาพ และมีคุณธรรมออกไปเพื่อดูแลรักษาประชาชน